双子叶植物根和茎的初生结构在多个方面存在明显的区别，主要包括以下几点：

表皮特征

根的表皮：具有根毛，无气孔。

茎的表皮：无根毛，往往具有气孔。

内皮层

根的内皮层：存在，内皮层细胞具有凯氏带。

茎的内皮层：大多数双子叶植物茎中无显著的内皮层，不具凯氏带和中柱鞘。

维管柱

根的维管柱：具有中柱鞘，初生木质部和初生韧皮部相间排列，形成外始式结构。

茎的维管柱：无中柱鞘，初生木质部与初生韧皮部内外并列排列，形成束状结构，其发育顺序为内始式。

髓

根的髓：通常无髓或髓不明显，少数植物根有髓但无髓射线。

茎的髓：中央为髓，维管束间具有髓射线。

这些区别主要是由双子叶植物根和茎所执行的功能和所处的环境条件不同所决定的。根主要承担吸收功能，需要更多的吸收表面积和储存养分的能力，因此具有根毛和无气孔的表皮，以及发达的内皮层和中柱鞘。而茎主要承担支撑和运输功能，需要更多的机械强度和水分运输能力，因此表皮具有气孔，内皮层不发达，维管柱结构也不同。